La distribución costera del delfín franciscana hace que la especie esté continuamente expuesta a altos niveles de contaminantes.
El mayor peligro para la supervivencia de la especie, a corto plazo, son las muertes accidentales en la pesca con redes de enmalle.
El aumento de la demanda de recursos, ejercen una presión considerable sobre la franciscana y su ecosistema.